トマトの病害対策は、予防的に殺菌剤を使用することがありますが、土壌や施設内の生育条件を最適に保つことで農薬の使用量を低減しています。
同じ場所でトマトを連作すると連作障害が出ることがありますが、堆肥をふんだんに使用して連作障害を出にくくし、通常、土壌消毒が必要となるような場合には、土壌消毒薬を使う代わりに土の総入替えをしています。